第三季于 2009 年 3 月 14 日以三集首播《Transwarped》开播，并于 2009 年 5 月 23 日结束。本季在《Transwarped》事件之后，重点讲述了汽车人试图到达塞伯坦，以警告汽车人高级委员会注意伪装成汽车人情报官 Longarm Prime 的 Shockwave。与此同时，威震天、红蜘蛛、Shockwave（取代 Blitzwing 成为主角）和 Lugnut 计划使用巨大的汽车人 Omega Supreme 来制造他的克隆体（被称为 Lugnut Supremes，因为它们看起来与 Lugnut 相似）。